เครื่องหมายทางพันธุกรรม (อังกฤษ:genetic marker) เป็นการค้นพบลักษณะเฉพาะที่เรียกว่า ซิงเกล นิวคลิโอไทด์ พอลิมอร์ฟิซึม(single nucleotide polymorphism-SNP) หรือ การผ่าเหล่าอย่างง่าย ซึ่งจะเกิดขึ้นในส่วนสำคัญของ DNA ในจีโนมเฉพาะ SNP สามารถจะเกิดร่วมกับการมีโรคทางพันธุกรรม หรือทำให้ DNA ไม่แสดงผลอะไรซึ่งรียกว่าเป็น DNA ขยะ แต่ก็มีประโยชน์ในการศึกษาประชากร